Home
I ESCUELA INTERNACIONAL DE CATÁLISIS
VII SIMPOSIO COLOMBIANO DE CATÁLISIS
VI SIMPOSIO DE QUÍMICA APLICADA

Índice General

- 1. Introducción a la linea de comandos

- 2. ADF
   - 2.1 Primeros pasos
   - 2.2 Archivos de salida
   - 2.3 Frecuencias
   - 2.4 Fragmentos
   - 2.5 NBO
   - 2.6 MT
   - 2.7 Catálisis
- Gamess

Primeros Pasos.

ADF es un programa que puede estar en los sistemas operativos base Linux y Windows, debido a las ventajas de linux en cuanto a la paralelización de los cálculos y multiusuarios, es ampliamente recomendable que se instale sobre este sistema operativo.

Algunas recomendaciones son que se cree una carpeta en la cual se manejen por separado cada uno de los ejemplos a describir, de esta manera se podrá tener una mejor organización que facilitara la búsqueda posterior de archivos y carpetas.
En otras palabras cada cálculo debe tener su carpeta, si hay continuación del ejemplo se crearan subcarpetas.




2.1.1 Ejecutar Programa.

 - Crea una carpeta que se llame adf en tu carpeta de trabajo principal.
 - Dentro de esa carpea crea otra que se llame ejercicio_1_1
 - Abrela y ejecuta:  
usuario@maquina$ adfinput &
Esto desplegará una ventana como muestra la figura 2.1.1, en esta imagen se resaltan los íconos de las herramientas de construcción de geometría. A continuación se describen brevemente estas utilidades.
 Pre-optimización: Ingresa las coordenadas dadas y minimiza la energía con teorías de mecánica clásica.
Tipo de enlace: Permite modificar el orden de enlace entre átomos.
Simetrización: Utiliza un algoritmo para buscar el grupo puntual mas cercano de la molécula.
Elementos de la tabla: Muestra los elementos de la tabla periódica para contruir la molécula.

Figura 2.1.1

2.1.2 Construcción de la molécula de agua.

 - En la barra de herramientas de construcción selecciona el símbolo de oxígeno, da un click derecho en el área de construcción (fondo negro), alli aparecerá una representación del átomo de oxígeno en rojo.
 - Seguido selecciona el símbolo del hidrógeno y colocalo en otro punto del área de construcción.
 - Familiarizate con los movimientos de ADF-GUI.
 - Deselecciona los elementos y coloca otro hidrógeno cerca del oxígeno.
 - Mide las distancias y el ángulo que hay entre los átomos (seleccion dos para observar la distancia y tres para el ángulo).
 - Oprime la herramienta de pre-optimización de geometría.
 - Oprime la tecla de simetrización
 -  Mide otra vez las distancias y ángulos Figura 2.1.2.

Figura 2.1.2

2.1.3 Instrucciones básicas en el archivo de entrada.

El archivo de entrada es la comanda hacia el programa para que realice las actividades que deseamos. Muchas veces nos servimos de los parámetros predeterminados del programa ya que no se requiere mas, sin embargo cuando algo falla necesitamos hacer una revisión exhaustiva de estos parámetros. El ejemplo.adf muestra algunas banderas escenciales y su descripción para iniciar un cálculo de optimización de geometría.
Para checar mas a detalle los comandos puedes ir a la guía de usuario del programa.

Adf users guide

2.1.4 Optimización de geometría.

El primer cálculo que aprenderemos a hacer, es encontrar la geometría de mínima energía de una molécula.
 - En la carpeta /adf crea una carpeta que diga geom_opt, ábrela.
 - Ejecuta el programa adfinput:
usuario@maquina$ adfinput &
 - Construye la molécula de etano (C2H6).
 - Exporta la geometría a un archivo *.xyz, en la barra de menu encontrarás File>Export Coordinates como se ve en la figura 2.1.4.
 - Copia el archivo ejemplo.adf a tu carpeta local. Cambiale el nombre a C2H6.
usuario@maquina$ mv ejemplo.adf c2h6.adf
 - Dentro en el archivo ubica la parte donde van las coordenadas y reemplazalas por las que tu construiste. El archivo debe quedar de la siguiente forma c2h6.adf.
 - ¡Corre tu cálculo!
usuario@maquina$ adf <c2h6.adf > c2h6.out &

Figura 2.1.4



LABFAMA