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I ESCUELA INTERNACIONAL DE CATÁLISIS
VII SIMPOSIO COLOMBIANO DE CATÁLISIS
VI SIMPOSIO DE QUÍMICA APLICADA
Índice General

- 1. Introducción a la linea de comandos

- 2. ADF
   - 2.1 Primeros pasos
   - 2.2 Archivos de salida
   - 2.3 Frecuencias
   - 2.4 Fragmentos
   - 2.5 NBO
   - 2.6 MT
   - 2.7 Catálisis
- Gamess

Frecuencias vibracionales.

Para asegurar que la geometría que nos arroja el programa después de minimizar la energía es un mínimo verdadero, se realiza un cálculo de frecuencias vibracionales, el cual es la derivada de la matriz del Hessian. Si todas las frecuencias vibracionales son positivas, estamos seguros que es un mínimo y que es una geometría real, de lo contrario no existe esa geometría. Si y solo si una frecuencia es negativa nos encontraremos en un estado de transición (TS por sus siglas en inglés),

2.3.1 Cálculo de frecuencias para el Etileno

 - Construimos la geometría del etileno en adfinput y las pegamos al archivo de entrada.
 - En el archivo de entrada estandar añadimos la siguiente instrucción

AnalyticalFreq
End

 - Una vez obtenido el archivo etileno.adf, lo ejecutamos con el comando para correr ADF.
 - Abrimos el archivo de salida etileno.out.
 - Buscamos la cadena de caracteres /All Frequencies, y verificamos que todas las ...frecuencias vibracionales sean positvias.
Figura 2.3.1 Etileno

2.3.2 Visualización del espectro de frecuencias vibracionales

Una vez obtenido el archivo TAPE21 tenemos que cambiarle el nombre por etileno.t21 para poder hacer uso del adfview (seccion 2.2.4).

usuario@maquina$  mv TAPE21  etileno.t21
usuario@maquina$ adfview &

- En la barra de menú buscamos File>Open y abrimos etileno.t21.
- En el ícono SCM buscamos el subprograma spectra y nos mostrará el IR de la molécula ...figura 2.3.2.

Podemos comparar nuestro espectro con un generador de espectros infrarojo que utiliza datos experimentales infrared ethylene spectrum.		 
Figura 2.3.2

2.3.3 Modos normales de vibración

Gracias al archivo de la función de onda etileno.t21  podemos visualizar los modos normales de vibración en las frecuencias donde hay mas intensidad, para esto en el espectro de vibraciones selecciona con el mouse el pico de intensidad del cual quieres checar la vibración, este generará el video de las vibraciones de la molécula figura 2.3.3.
Figura 2.3.3


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