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I ESCUELA INTERNACIONAL DE CATÁLISIS
VII SIMPOSIO COLOMBIANO DE CATÁLISIS
VI SIMPOSIO DE QUÍMICA APLICADA
Índice General

- 1. Introducción a la linea de comandos

- 2. ADF
   - 2.1 Primeros pasos
   - 2.2 Archivos de salida
   - 2.3 Frecuencias
   - 2.4 Fragmentos
   - 2.5 NBO
   - 2.6 MT
   - 2.7 Catálisis
- Gamess

Estado de transición

Esta teoría asume que existe un tipo de equilibrio químico característico (quasi-equilibrio) que se encuentra entre los reactivos y los productos en una reacción química, este equilibrio se encuentra en el punto máximo de la superficie de energía potencial de la coordenada de reacción.

Para garantizar que este estado sea el de transición y que pertenece a la reacción de deben cumplir dos cosas.

  • El estado debe tener una frecuencia negativa en el análisis vibracional
  • Los estados deben pertenecer a la misma coordenada de reacción

2.7.1 Búsqueda del Estado de Transición

Cree una carpeta en /adf que se llame reaction_path
Para ejemplificar el estado de transición (TS) utilizaremos la reacción

Pd2 + O2 ----> O-Pd-Pd-O

El camino de la reacción que seguiremos es el de la Figura 2.7.1.
Primero proponemos una geometría que se encuentre entre los productos y los reactivos para luego iniciar la búsqueda.
Para la búsqueda del TS utilizaremos la siguiente geometría y añadiremos las siguientes instrucciones al archivo de entrada.

Geometry
 TransitionState
 Hessupd FARKAS-BOFILL
 Iteration 300
END

Adicional a esto tenemos que hacer mas estricta la convergencia por lo que en la instrucción INTEGRATION utilizaremos un criterio de 1x10-9.
Dentro de la carpeta de reaction path creamos otra que se llame TS y dentro debemos encontrar el archivo ts1.adf.

Figura 2.7.1

2.7.2 Análisis de Frecuencias en el TS.

Corra el cálculo con el archivo de entrada generado.
usuario@maquina$ adf <ts1.adf >ts1.out &

Verifique que en el análisis de frecuencia solo se encuentre una frecuencia negativa como se muestra en la Figura 2.7.2

Verifique que tipo de vibración presenta esa molécula.


Figura 2.7.2

2.7.3 Coordenada de Reacción Intrínseca

Para conectar el Estado de Transición a los productos y reactivos necesitamos realizar un cálculo IRC (Intrinsec Reaction Coordinate).

Para conectar el TS con los productos realizaremos un IRC backward (hacia atrás). Para esto necesitamos la geometría final y el archivo TAPE21 para utilizarlo de arranque.

Dentro de reaction_path cree una carpeta que se llame IRC y dentro una que se llame Backward, ingrese a ella.
Copie el archivo TAPE21 generado anteriormente a un archivo que se llame t13.irc
Deberá generar el archivo irc.adf.

Dentro deIRC cree una carpeta que se llame Forward, ingrese a ella.
Copie el archivo TAPE21 generado en el TS a un archivo que se llame t13.irc dentro de la carpeta de trabajo
Deberá generar el archivoirc.adf.





Figura 2.7.3



LABFAMA